机关办理刑事案件的程序是：1、立案，指机关决定立案侦查或者审判的一种诉讼活动。2、侦查，是指机关在办理案件过程中，依照法律进行的专门调查工作和有关的强制性措施。3、拘留。4、逮捕。5、审查起诉。【法律依据】《机关办理刑事案件程序规定》第四十一条机关在第一次讯问犯罪嫌疑人或者对犯罪嫌疑人采取强制措施的时候，应当告知犯罪嫌疑人有权委托律师作为辩护人，并告知其如果因经济困难或者其他原因没有委托辩护律师的，可以向法律援助机构申请法律援助。告知的情形应当记录在案。